З розвитком сучасної науки і техніки ендоскопи зазнали повної трансформації, використовуючи оптичні волокна. У 1963 році Японія почала виробляти волоконно-оптичні ендоскопи, а в 1964 році було успішно розроблено пристрій для біопсії для волоконно-оптичних ендоскопів. Ці спеціальні біопсійні щипці дозволяють отримати відповідні патологічні зразки з мінімальним ризиком. У 1965 році був розроблений волоконно-оптичний колоноскоп, який розширив сферу обстеження захворювань нижнього відділу шлунково-кишкового тракту. У 1967 році розпочалися дослідження волоконно-оптичних ендоскопів для спостереження за найменшими ураженнями. Волоконно-оптичні ендоскопи також можна використовувати для лабораторних тестів in vivo, таких як вимірювання температури тіла, тиску, переміщення, спектрального поглинання та інших даних.
У 1973 році лазерна технологія була застосована для ендоскопічного лікування і поступово стала одним із методів ендоскопічного лікування шлунково-кишкових кровотеч. У 1981 році була успішно розроблена ендоскопічна ультразвукова технологія. Ця нова розробка, що поєднує передову ультразвукову технологію з ендоскопією, значно підвищила точність діагностики уражень.
У листопаді 2002 року народилася перша в світі «ендоскопічна система високої-роздільності», яка кардинально змінила концепцію ендоскопії. Він містить найсучаснішу-технологію візуалізації, що забезпечує точність зображення, що дає змогу діагностувати надзвичайно невеликі ураження. Поява сучасних відеоендоскопів, електронних ендоскопів та ультразвукових ендоскопів започаткувала нову еру сучасної медичної ендоскопії, яка переходить від ери обстеження та діагностики до ери лікування та хірургії.
